Latin-SEQ é um projeto de pesquisa com o objetivo principal de fornecer diagnóstico genético para indivíduos afetados por doenças neuromusculares hereditárias (DNM) residentes em países da América Latina (LATAM). Para alcançar esse objetivo, utilizamos uma variedade de técnicas genéticas, principalmente o Sequenciamento de Nova Geração (NGS), mas também o sequenciamento tradicional usando as técnicas de Sanger e MLPA. Este é um estudo internacional e multicêntrico que envolve mais de 60 hospitais em 18 países, coordenado pelo John Walton Muscular Dystrophy Research Centre (JWMDRC) da Universidade de Newcastle, no Reino Unido.

Nosso compromisso é acelerar o processo de diagnóstico genético para esses pacientes e expandir o conhecimento sobre as causas e a prevalência das doenças neuromusculares em diferentes populações da LATAM. Obter um diagnóstico precoce oferece aos pacientes inúmeros benefícios: acesso a um plano de acompanhamento e terapia personalizada, expectativas claras sobre a progressão da doença, a possibilidade de receber aconselhamento genético para os membros da família, a oportunidade de ser incluído em registros ou associações de pacientes, e a participação em ensaios clínicos, se disponíveis.

O Latin-SEQ promove a criação de uma rede robusta de unidades hospitalares e centros clínicos com expertise em doenças neuromusculares, atendendo tanto pacientes adultos quanto pediátricos em toda a LATAM.

O Latin-SEQ também inclui espaços virtuais para treinamento especializado, discussão conjunta de casos clínicos e colaboração em projetos de pesquisa, reunindo neurologistas, neurologistas pediátricos, neurofisiologistas, geneticistas, fisioterapeutas e outros profissionais de saúde envolvidos no diagnóstico e acompanhamento de pacientes com doenças neuromusculares.

O sequenciamento é uma técnica molecular que nos permite analisar o DNA de uma pessoa para “ler” seu código genético. Anteriormente, eram utilizados métodos como o sequenciamento de Sanger, que, embora preciso, era mais lento, pois permitia o sequenciamento de apenas uma região do DNA (gene) por vez.

Hoje em dia, utilizamos técnicas mais avançadas, como o Sequenciamento de Nova Geração (NGS). Essa nova tecnologia é mais rápida e permite o sequenciamento simultâneo de grandes regiões do DNA em um curto período de tempo, facilitando e acelerando o diagnóstico genético. No projeto Latin-SEQ, utilizamos o sequenciamento completo do exoma para obter informações de todas as regiões codificantes, que são aquelas que contêm as instruções para produzir todas as proteínas. Ao comparar os exomas de um indivíduo afetado com uma sequência de referência, podemos identificar variantes genéticas que podem ser a causa dessas doenças neuromusculares. Graças a essa tecnologia, podemos oferecer um diagnóstico mais rápido e preciso, melhorando assim o cuidado e a qualidade de vida dos pacientes.

Todos os pacientes com suspeita de uma doença neuromuscular genética, mesmo sem um diagnóstico, podem ser incluídos no projeto Latin-SEQ. Não há restrições baseadas em sexo ou idade (tanto pacientes adultos quanto pediátricos são elegíveis), nem no tipo de doença neuromuscular que apresentam (afetando músculo, junção neuromuscular ou nervo). Somente serão excluídas doenças adquiridas ou aquelas que não podem ser diagnosticadas através da análise do exoma (como DM1/2 e FSHD). O estudo dará prioridade à análise de famílias com múltiplos membros afetados e pacientes de minorias étnicas.

Os profissionais de saúde de cada centro participante selecionarão seus pacientes e garantirão que os participantes assinem o termo de consentimento informado. Eles também serão responsáveis pela coleta de amostras biológicas (DNA, sangue, saliva ou manchas de sangue seco em papel, dependendo da disponibilidade). Essas amostras serão enviadas e armazenadas no “JWMDRC Biobank” em Newcastle até a análise. Além disso, precisarão fornecer dados demográficos e clínicos de cada participante, incluindo achados do exame físico, resultados de exames complementares como exames de sangue, estudos eletrofisiológicos, ressonância magnética músculo e biópsia muscular, se disponível. Esses dados serão inseridos em uma plataforma online (PhenoStore) que utiliza a Human Phenotype Ontology (HPO) para padronizar as informações clínicas. Sempre que possível, também serão coletadas amostras dos pais e outros membros da família, tanto afetados quanto saudáveis. A equipe de coordenação em Newcastle gerenciará e cobrirá os custos de envio das amostras dos centros de referência para Newcastle.

1. Triagem Inicial:
   Dependendo da suspeita clínica indicada pelo médico responsável, as amostras passarão por uma série de análises genéticas antes do sequenciamento do exoma. Essas análises incluem MLPA para distrofia muscular de Duchenne/Becker, atrofia muscular espinhal (AME) e neuropatias CMT1A, bem como análise de mutações de ponto recorrentes para aqueles com suspeita de miastenia congênita e doenças mitocondriais. Estima-se que essa análise diagnostique 20-30% dos casos analisados. Os casos restantes passarão por sequenciamento do exoma.
2. Sequenciamento do Exoma Apenas do Probando:
   As amostras de DNA dos casos índice e seus familiares afetados serão enviadas ao National Centre for Genomic Analysis (CNAG) em Barcelona, Espanha, onde o sequenciamento completo do exoma e o processamento inicial de bioinformática serão realizados. Os dados processados serão carregados na Genome-Phenome Analysis Platform (GPAP) do RD-Connect, onde a filtragem de variantes seguirá estratégias padrão para doenças raras (por exemplo, frequência populacional e preditores de efeito de variantes) para focar naquelas com maior relevância clínica. As variantes identificadas serão classificadas de acordo com as diretrizes do ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics). A análise de dados será conduzida em etapas. Na primeira etapa, será realizado o Sequenciamento Completo do Exoma (WES) dos casos índice e seus familiares afetados, usando um painel in-silico que cobre mais de 600 genes associados a doenças neuromusculares (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36697115/) Espera-se que essa abordagem inicial resolva entre 40% e 60% dos casos.
3. Pesquisa Aprofundada:
   Numa etapa posterior, os casos não resolvidos serão examinados de forma mais aprofundada, guiados pelo fenótipo e histórico clínico de cada paciente. Genes fora do painel inicial serão analisados e/ou os pais passarão por sequenciamento do exoma em trio. Essa análise em trio ou familiar ajudará a esclarecer diagnósticos complexos e pode identificar novos genes ainda não associados a doenças neuromusculares.
4. Discussão de Casos:
   Após a primeira rodada de análise, haverá discussões de casos entre os colaboradores locais e o grupo coordenador para avaliar a relevância clínica das variantes identificadas e planejar o manejo adequado para cada paciente.
5. Armazenamento e Acesso aos Dados:
   Todos os dados genômicos serão armazenados na plataforma GPAP de acesso restrito, facilitando a análise colaborativa e a revisão crítica dos achados clínicos e genéticos.

O projeto Latin-SEQ valoriza a contribuição e o esforço de cada um dos centros de referência e colaboradores. Para garantir uma representação justa e colaborativa, qualquer publicação geral pela equipe coordenadora em Newcastle incluirá cada membro do Consórcio Latin-SEQ que tenha contribuído com amostras para o estudo como coautor. Essa inclusão garante o devido reconhecimento de todos os participantes e promove a visibilidade do trabalho coletivo dentro da comunidade científica. Além disso, cada centro terá total liberdade para liderar trabalhos e/ou apresentações de casos locais e individuais. Esta política de publicação promove a transparência, colaboração internacional e avanço científico, permitindo que os resultados e conhecimentos gerados através do projeto Latin-SEQ sejam amplamente compartilhados, beneficiando a comunidade médica e científica e os pacientes com doenças neuromusculares.